火岩队和水舰队，以及超古代神奇宝贝。但雷羽和超梦也被火箭队发现，板木亲自出马，携带名为“个体二”的宇宙神奇宝贝代欧奇西斯，狙击雷羽和超梦。
彩幽大会前54天，雷羽和超梦在返回芳缘地区的航船上被板木拦截，经过苦战，雷羽指挥超梦击败板木指挥的代欧奇西斯，解救了代欧奇西斯，并告诉代欧奇西斯“个体一”的下落。
彩幽大会前50天，雷羽和超梦返回芳缘地区，娜姿、希罗娜、拉斐尔、正辉、小茂、小蓝前来迎接。
彩幽大会前46天，火岩队和水舰队重新开始活跃，制造火山爆发、海啸等灾难来增强超古代神奇宝贝的力量，加快其复苏速度。裂空座亦受到影响，开始活动，雷羽因此昏迷。
彩幽大会前40天，雷羽醒来，根据嘉儿提供的情报，一行人前往得文制造股份有限公司，保护唯一拥有潜入万米深度以下海沟的深海潜水艇，但迟了一步，深海潜水艇被火岩队成员盗走。
彩幽大会前39天，雷羽的外公外婆传来消息，说找到关于三神柱的线索。雷羽等人再次分开行动，希罗娜带领小茂、小蓝返回绿岭市研究三神柱的文献；雷羽则根据前世记忆，计划捕捉古空棘鱼前往深海洞穴阻止火岩队和水舰队。
彩幽大会前38天，火岩队和水舰队合作，使用深海潜水艇前往深海洞穴，计划零距离唤醒超古代神奇宝贝。雷羽等人，依然没有发现古空棘鱼的踪迹。
彩幽大会前37天，通过绿色宝珠，雷羽感觉到红色宝珠被激活，固拉多和盖欧卡的苏醒再无法阻止。绝望之时，洛基亚现身，带着雷羽、娜姿、拉斐尔、正辉四人潜入深海洞穴，欲在最后关头阻止火岩队和水舰队。可惜最终失败，激战之中，水梧桐从赤焰松手中夺走蓝色宝珠融入身体，获得控制盖欧卡的资格；赤焰松亦融合了红色宝珠，尝试控制固拉多。
彩幽大会前36天，超古代神奇宝贝固拉多和盖欧卡终于完全复苏，苏醒的超古代神奇宝贝，开始肆无忌惮地破坏，大地和海洋陷入混乱之中。裂空座同样开始急速苏醒，因为绿色宝珠的影响，雷羽再度昏迷，洛基亚只能带着四人离开深海洞穴。
彩幽大会前35天，赤焰松和水梧桐终于成功控制红色宝珠和蓝色宝珠，两人控制着固拉多和盖欧卡，欲图一决胜负，决出这个世界到底由大地还是海洋控制。为了阻止战斗，正辉指挥着巨大毒刺水母、娜姿指挥洛基亚尝试阻拦盖欧卡；各地的道馆训练家尝试阻拦固拉多。战斗中，巨大毒刺水母被盖欧卡咬掉半边身体死亡。
彩幽大会前34天，训练家们的努力只能暂时阻拦固拉多和盖欧卡前进的脚步，两只超古代神奇宝贝，象征着其力量的海水和熔岩，在未白镇交汇。
彩幽大会前33天，雷羽苏醒过来，希罗娜传来消息，找到三神柱沉眠的位置。雷羽、枫和南一组，希罗娜、小茂、小蓝一组，娜姿、拉斐尔一组，分别前往三神柱沉眠之地，打算唤醒三神柱，以封印超古代神奇宝贝战斗力量余波对世界的破坏。同日，盖欧卡和固拉多终于在未白镇开始了交锋。
彩幽大会前32天，三组成员成功收服三神柱，同日，感受到世界危机的梦幻、凤王出现在雷羽等人面前。
彩幽大会前31天，三神柱在未白镇布下巨大的结界，封锁了超古代神奇宝贝战斗的战场。小智等人也来到未白镇，娜姿指挥梦幻、希罗娜指挥凤王对抗固拉多；小智指挥洛基亚、拉斐尔指挥急冻鸟、枫和南指挥水君和钻石大钢蛇对抗盖欧卡。雷羽则是找到水梧桐和赤焰松的下落，准备取出红色宝珠和蓝色宝珠。经过战斗，雷羽成功从水梧桐和赤焰松的身上取出红色宝珠和蓝色宝珠。但被激活的红色宝珠和蓝色宝珠，与绿色宝珠共鸣，巨大的刺激，让裂空座醒来。
彩幽大会前30天，摆脱人类控制的固拉多和盖欧卡，并未平息心中的愤怒，反而因为被人类所控制的经历让它们更加愤怒，想要毁灭世界，两只超古代神奇宝贝决定摧毁生命之树。为了阻止固拉多和盖欧卡，雷羽不得不将红色宝珠和蓝色宝
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