分子机器的动力，到这里算是被解决了，但这里有个问题，就是王石或者梦想要如何才能实现对它们的控制。很显然，若是无法控制的话，这个机器再是精巧也没有什么意义，所以设计它的控制系统是一个相当关键的问题。
其实解决的办法很简单。很显然，分子机器的动力是从电磁波中得到的。而电磁波则是受控的。所以王石想了一个办法，那就是通过在分子机器上构造不同的极性部件，而这些极性部件与相关运动机构相连，这样，只要通过发射相应序列的电磁波脉冲，就可以上这些相应的极性部件动起来，从而控制整个分子机器的各种动作，包括移动，检查，读取，搬运等各种动作。
还有最后一个问题就是，机器虽然做了动作，但是你怎么知道它是否完成到位，还有就是它读取的数据如何让你知道。这是一个问题。现在机器有了动力，还有输入的控制，现在需要的是它怎么给予反馈。
由于分子机器毕竟规模上，所以不可能造得太复杂，所以王石也没有在这个上面下多少功夫，王石的解决方案是由于读取到的信号，直接用动作进行表达作出，由于整个工作表面是一个平面。所以这个工作表面可以被设计成象触屏一样。当分子机器读到某个碱基的时候，某条分子手臂会落下来，碰到到工作表面，引发一个脉冲，而碰到另一个碱基时，就不落下来，就无信号，然后通过收集到工作表面的这些信号。通过解码后就可以明白分子机器是读到哪一个碱基了。
现在要说的就是分子机器是如何写这个信息的，很显然，这个信息是由不同的基因序列来组成的。由于分子机器可以在工作表面上移动和搬运，所以写的操作就是把那个碱基摘下来，接上相应的碱基就行了。
大家想像一下，
这样，很显然，这个可以成为一套很庞大的数据储存系统。也就是我们平常个人电脑的硬盘了。
到这里为至，各位大大可能还有点不明白，这也只是一个硬盘罢了，只是台机器里技术含量最低的部分罢了，你拽什么呀。
厉害的部分来了，通过对这些问题的考虑，王石对计算单元也有了完整的方案。
首先，最简单的方案就是通过对上面分子机器的改造，做成象手摇式计算那样的机构，这是最简的的方案。毕竟对于设计成功的分子机器来讲，它本身就有进行自我装配的能力，而且根本就不需要手摇式计算那么复杂，只需要会一位的最简单的运算单元就够了。然后通过把这些只有一位位宽的运算单元经过组合连接，分组分层，配合合适的微型电路，组成运算网络。以适应大规模运算的需要。
复杂一点的，那就可以采用把前面的一位位宽运算单元进行合并，组成规模适当的分子运算器，然后最进行分层组合。这样的好处就是电路将会大大简化。可以提高运算网络的规模。
当然，最直接的是，通过分子机器搬运分子原子，直接制造大规模运算单元处理器。很显然的是这个处理器也是由原子分子组成的嘛，要知道，世界上已经制造出了由七个原子组成的晶体管，所以完全可以通过这样的方式来制造梦想的大脑。这里有一个问题，就是现在的处理器制造技术也已经到了一个极高的水准，比如说，inter就已经在用32纳米的制造技术了，你还有必要自己制造吗？
王石的回答是有必要，怎么说呢，大家都知道那个gpu和cpu的区别！其实gpu和cpu的晶体管制造规模都差不多。但实际运算速度却相差很大，一度有人提出取消cpu，由gpu来代替的论点，但这里是个误解。实际情况是，gpu适应于大规模并行运算，而cpu单线程执行速度快。它们适应不
同的方向。
而梦想需要的却是它的并行运算能力。所以这个就不得不考虑完成这
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