冯该对雍州进攻。至于郭铨，桓玄决定调他返京，任前将军。
豫州刺史、谯王司马尚之兵败后逃往涂中，被人告发被擒，正押往京中。桓玄没有安排豫州刺史的人选，准备留与刘牢之。
里里外外安排妥当，天色已经不早，桓玄有些疲乏，准备前去休息。
桓玄在京中并无住所，居于宫中于理不合，京中最好的宅院莫过于乌衣巷，桓玄看到谢混笑道：「望蔡县公，愚有意暂借在谢太尉宅中，不知可妥。」
谢混淡然应道：「召伯之仁，犹惠及甘棠；文靖之德，更不保五亩之宅邪？」
桓玄脸色一变，面露惭色。
卞范之连忙缓和道：「东府是丞相办公之所，主公即任丞相，何不就在东府住下。」
桓玄顺坡下驴，道：「善。」
接下来几天桓玄很忙，京中门阀纷纷前来示好，亲朋故旧自然要前来跑官要官。
新安太守殷仲文，原南蛮殷觊之弟，殷仲堪的堂弟，是桓玄的姐夫，因桓玄受朝庭猜忌，贬为新安太守。
得知桓玄入主建康，殷仲文当即命人备车，弃了新安太守之职，前来京城投奔桓玄，桓玄命其为咨议参军。
桓玄感觉畅快无比，朝堂之上无人敢出反对之言，一应朝政皆由他他说了算，恨不能在东堂之上疾呼「大丈夫当如是」。
桓玄的荆州兵马接管了京城，北府军北府军在刘牢之的率领下并未进京，而是退守冽洲，等候桓玄兑现封赏的诺言。
刘衷得知桓玄进京，带着豫州水师千余人出长江口，驻扎在一处海岛。
当初杨安玄剿灭逐水雁，让接任的刘衷查找逐水雁的暗巢，功夫不负有心人，真让刘衷找到了这座孤岛。
岛上有淡水，许宏在岛上还积存了不少粮食物资，刘衷便将此岛辟为基地，率舰出海时会来此补给。
眼见京城被自己牢牢把控，桓玄开始「快意恩仇」，举起清算的屠刀。
首先要杀的当然是司马道子父子，司马元显的罪状很好罗列，「骄奢狂纵，残害忠良，任用女干邪」等等，与其六子被判弃市。
倒是会稽王司马道子的罪名难安，桓玄记恨当年之仇，以「贪婪骄恣、宠昵群小、酗酒、纵子不孝」等罪名上疏，建议将司马道子弃市。
司马道子与京中门阀交情深厚，常常在一起宴饮悠游谈玄，京中士族都以为处罚太重，朝议时否决了桓玄的建议。
桓玄初掌建康，亦不敢太过违逆门阀的意愿，毕竟朝堂上的众人彼此之间非亲即故。
互相妥协，最后以天子名义下诏，流放司马道子江州安成郡。
说来可悲，司马道子身为会稽王，曾任太傅、丞相、司徒、扬州刺史等要职，主政多年，被押送至延尉时，满朝文武居然无一人相送。
守孝在家的王珣之子王珣，特来道旁相拜、攀车涕泣，算是还了当年屡次征召的情份。
处理完司马道子和司马元显，剩下的小角色很快就被决定了命运。
司马元显的心腹张法顺、太傅参军荀逊、庾楷庾鸿父子、吏部郎袁遵、谯王司马道子一同弃市。
让人没想到的是桓玄居然把冠军将军毛泰、游击将军毛遂也归在弃市之列，毛泰在抓拿司马元显时痛殴了他一顿，一是解解心中怨气，二是向桓玄表明自己与司马元显誓不两立，结果弄巧成拙，自己与兄弟也成了陪斩之人。
司马元显的两大心腹，张法顺和王诞，桓玄当然不肯放过王诞。右将军桓修为舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上没有杀王诞，将其流放广州岭南。
被判流放的还有丹
阳尹司马恢之、广晋伯司马允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥风。
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