岑璋等交了印信之后瑶民组成的叛军开始撤退，柳州城就像过年一样举城欢庆起来，岑璋等人在柳州呆了两天，待到沈希仪和焦旭率军返回，他们才带着段飞从柳州和桂林挑选出来的秀才们离开柳州，段飞对这些因祸得福的秀才们集训了两天，从中挑选出肯接受新思维的秀才，甚至童生，安排他们前往瑶人自治地区为官，主要负责推广教育以及增强汉人与瑶人的交流工作，至于派兵驻扎，还需请沈希仪来安排。
一场大败变成大胜，返回柳州的沈希仪过了了两天还以为自己在做梦，段飞答应替他掩饰这场大败，更是让他感激不已，段飞让他亲自委派将领到各瑶族领地接管，他凛然遵命，亲自过问每一细节，绝不敢再出任何纰漏，甚至重新请来曾经背叛他的谋士赵臣，诚心诚意地向他请教关于在瑶民聚居地如何安排戍卫的问题。
一时间段飞也忙得团团转，更令他头疼的是，岑璋走了，他孙女却留了下来，说是帮段飞做某些决断，其意不言自明，岑萱留在柳州，这让灵雨很不高兴，她一步不离段飞身边，倒是岑萱显得落落大方，对灵雨屡次挑衅毫不在意，灵雨折腾了几次后也没皮调，被段飞暗中责备了两次，终于藏起了锋芒。
改土归流的阻力是极大的，段飞夹胜利之势，做出以瑶治瑶的退步，又逼得岑璋等大土司放弃了权利受限支持改土归流，但是实际施行起来的时候，依然遭到了重重阻挠，他刚想离开柳州返回桂林，就听说立波的土司带头造反了。
立波只是开始，随着改土归流的推广执行，造反的各地土司此起彼伏，不得已之下段飞只好向正德写了份奏折，请正德批准他在广西多呆段时间，直到广西局势稳定下来再回京复旨。
半个月后京城中传回正德的旨意，正德对段飞顺利平叛并且损失大面积推行改土归流非常赞赏，正德命段飞暂时留在两广完成改土归流的任务，同时对沈希仪等将领颇多嘉许。
沈希仪对段飞更是感激，亲自率兵四处镇压叛乱，同时按照段飞的意思，在平叛地区展开彻底改土归流，一连平复数个地区之后，岑璋终于看不过眼了，他亲自出面号召各地区的小土司们不要再与朝廷顽抗，接受改土归流的政策，否则必将适得其反。
岑璋的话让一些土司听进去了，不过依然有些人不信邪，七月、八月转眼就过去了，广西境内依旧断断续续爆发了几起叛乱，因为缺乏支持，都被迅速扑灭，金牛卫火枪队立下了赫赫战功。
段飞身在柳州，却牵挂着江南的倭患，九月十月正是倭寇顺风顺水袭掠大明的季节，今年也不例外，不过江南百姓官兵都经历过四五月的成功抗倭，士气大涨，在大家积极备倭之下，捷报频传，来袭的倭寇多数在海上就被歼灭俘虏，偶尔上到岸上，也逃不过遍地陷阱和百姓们的天罗地网，抓到的倭寇到处都有商人在出价购买，然后带到天堂岛卖做奴隶，为开发天堂岛尽一份绵薄之力……
进入十月之后广西境内一连十多天都没有叛乱的消息，瑶区各地改土归流渐渐深入人心，越来越少有瑶民会跟土司造反了，段飞亲自视察了几个地区，突然起了思归之心，他向正德再次上书乞归。
天气越来越冷了，进入十一月，正德的旨意被一位新来的钦差带到了广西，这位钦差是段飞的熟人，当他出现在船沿的时候，段飞不禁笑道：“升庵兄，你怎么来了！”
钦差正是杨慎，他呵呵笑道：“岚宝，你来得难道我就来不得吗？”
杨慎下船之后段飞向他引见了靖江王和朱麒等广西方面的官员，杨慎欣然一一见过，然后他当众展开圣旨，宣读起来。
正德对段飞等在广西平叛以及改土归流的功绩大为褒奖，段飞报上去的请功名单无一落空，最后正德任命段飞为西南五省巡抚钦差，负责对西南五省——也就是云贵两广加上
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